 化学研究所（共同利用·共同研究据点）化学研究所（共同利用·共同研究拠点） |
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1926年10月设立； 2004年4月改组 物质创制化学·材料机能化学·生物机能化学·环境物质化学·复合基盘化学 附属尖端量子束流科学中心·附属元素科学国际研究中心 附属生物信息学中心·赞助研究部门 水化学能源(AGC) 赞助研究部门 纳米界面光机能（住友电工集团社会贡献基金） |
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| 能源理工学研究所（共同利用·共同研究据点）エネルギー理工学研究所（共同利用·共同研究拠点） |
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1941年11月工学研究所设立 1971年4月改名为原子能源研究所 1996年5月改名为能源理工学研究所 能源生成·能源机能变换·能源利用过程 附属能源复合机构研究中心 |
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| 生存圈研究所（共同利用·共同研究据点）生存圏研究所（共同利用·共同研究拠点） |
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2004年4月设立（合并原木质研究所及宇宙电波科学研究中心，并进行了扩充） 核心研究部（生存圈诊断控制研究系、生存圈战略流动研究系、生存圈开发创建研究系） 开放型研究推进部·生存圈跨学科探索研究中心 |
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| 防灾研究所（共同利用·共同研究据点）防災研究所（共同利用·共同研究拠点） |
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1951年4月设立，1996年5月改组，2005年4月再改组 综合防灾研究（社会防灾，附属巨大灾害研究中心） 地震·火山研究（地震灾害、地震防灾、附属地震预报研究中心、附属火山活动研究中心） 地盘研究（地盘灾害、附属斜面灾害研究中心） 大气·水研究（气象·水象灾害、附属流域灾害研究中心、附属水资源环境研究中心） 赞助研究部门 防灾公共政策 气象水文风险情报 共同研究部门 港湾物流BCP |
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| 生存基盘科学研究机构 生存基盤科学研究ユニット |
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2006年4月设立 | ||||
| 极端气象适应社会教育机构 極端気象適応社会教育ユニット |
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2010年4月设立 | ||||
| 工学研究科（宇治） 工学研究科（宇治） |
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原子核工学专业 放射实验室 航空宇宙工学专业 风洞实验室 超空气力学实验室 附属量子理工学教育研究中心 |
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| 农学研究科（宇治） 農学研究科（宇治） |
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农学专业 应用生命科学专业 食品生物科学专业 |
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| 能源科学研究科（宇治） エネルギー科学研究科（宇治） |
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能源基础科学专业 | ||||
| 低温物质科学研究中心（宇治） 低温物質科学研究センター（宇治） |
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| 产官学合作本部（宇治） 産官学連携本部（宇治） |
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宇治校区先端技术革新中心 | ||||
