 化学研究所（INSTITUTE FOR CHEMICAL RESEARCH） |
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大正15年10月附置 平成16年4月改組 物質創製化学研究系・材料機能化学研究系・生体機能化学研究系・環境物質化学研究系・複合基盤化学研究系 附属先端ビームナノ科学センター 附属元素科学国際研究センター 附属バイオインフォマティクスセンター |
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| エネルギー理工学研究所（INSTITUTE OF ADVANCED ENERGY） |
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昭和16年11月工学研究所附置 昭和46年4月原子エネルギー研究所に改組 平成8年5月エネルギー理工学研究所に改組 エネルギー生成・エネルギー機能変換・エネルギー利用過程 附属エネルギー複合機構研究センター |
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| 生存圏研究所（RESEARCH INSTITUTE FOR SUSTAINABLE HUMANOSPHERE） |
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平成16年4月設置 中核研究部（生存圏診断統御研究系、生存圏戦略流動研究系、生存圏開発創成研究系） 開放型研究推進部・生存圏学際萌芽研究センター |
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| 防災研究所（DISASTAR PREVENTION RESEARCH INSTITUTE） |
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昭和26年4月附置 平成8年5月改組 平成17年4月改組 総合防災研究（社会防災、附属巨大災害研究センター） 地震・火山研究（地震災害、地震防災、附属地震予知研究センター、附属火山活動研究センター） 地盤研究（地震災害、附属斜面災害研究センター） 大気・水研究（気象・水象災害、附属流域災害研究センター、附属水資源環境研究センター） 寄附研究部門 気象水文リスク情報 共同研究部門 港湾物流BCP |
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| グローバル生存学リーディング大学院（Leading Graduate School for Sustainable Development and Survivable Societies） |
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平成24年4月設置 | ||||
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| 持続可能社会創造ユニット（Research Unit for Sustainable Seciety） |
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令和2年4月1日設置 | ||||
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| 工学研究科（GRADUATE SCHOOL OF ENGINEERING） |
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原子核工学専攻 放射実験室 航空宇宙工学専攻 風洞実験室 超空気力学実験室 附属量子理工学教育研究センター |
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| 農学研究科（GRADUATE SCHOOL OF AGRICULTURE） |
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農学専攻 応用生命科学専攻 食品生物科学専攻 |
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| エネルギー科学研究科（GRADUATE SCHOOL OF ENERGY SCIENCE） |
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エネルギー基礎科学専攻 | ||||
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| 環境安全保健機構（宇治）（AGENCY FOR HEALTH, SAFETY AND ENVIRONMENT） |
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健康管理部門 保健診療所宇治分室 低温物質管理部門 |
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| 産官学連携本部（OFFICE OF SOCIETY-ACADEMIA COLLABORATION FOR INNOVATION） |
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宇治地区先端イノベーション拠点施設 | ||||
